El secreto del libro de Kells cuenta la historia de Brendan, un joven monje de 12 años que vive en una abadía fortificada de Kells en la Irlanda del siglo IX. Junto con el resto de hermanos, Brendan ayuda a construir una muralla para proteger la abadía de los asaltos de los vikingos. Cuando conoce al Hermano Aidan, un famoso maestro miniaturista y guardián de un excepcional libro de miniaturas que está, sin embargo, inacabado, el pequeño Brendan vive increíbles aventuras.
Aidan iniciará al protagonista en el arte de la miniatura para el que el niño parece tener un increíble talento. Para terminar el libro y enfrentarse a sus miedos, Brendan sale de la abadía por primera vez y se interna en el bosque encantado donde peligrosas criaturas míticas le esperan escondidas. Allí conoce a Aisling, una lobezna que le ayudará en su camino. Para terminar el libro, Brendan tendrá que enfrentarse a su tío, además de superar los peligros del bosque con la ayuda de Aisling. Mientras los vikingos atacan con fiereza la abadía de Kells, matando y destruyéndolo todo a su paso.
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